具体的には、SendKeys.SendWait というファンクションをプログラムの中で利用している場合です。
SendKeys.SendWait は、キーボードのキーを押した事にするためのファンクションです。
以前に投稿した、VB6 /VBAと同じような、事象です。
対策は、.net1.1にパッチ(KB925168)があるので、それを利用すればOKです。
「Windows Vista ベースのコンピュータで .NET Framework 1.1 ベースのアプリケーションを実行すると、エラー メッセージ "フックを作成できません" が表示される」
http://support.microsoft.com/kb/925168/ja
http://www.microsoft.com/ja-jp/download/details.aspx?id=17722
以前のVB6 /VBAに関する投稿は、こちらから
http://tunemicky.blogspot.jp/2012/08/windows7-vb6-vba-sendkeys-70.html